在九版教材中，虽然把超二级结构从“二级结构”这一个段落，移到了“三级结构”这一章节进行叙述，但是这并未对其本身的分类造成影响。

结论：

超二级结构既不属于二级结构，也不属于三级结构，在考试的时候应该按照独立的选项选取。

以上定义分类应当如下图：

理论解析：

1、基本定义

【二级结构】的定义：指蛋白质分子某一段肽链的局部空间结构，就是该段肽链主链骨架原子的相对空间位置，并不涉及氨基酸残基侧链的构像，主要的形式有α-螺旋，β-折叠，β-转角和Ω-环。

【三级结构】的定义：整条肽链中，全部氨基酸残基相对的空间位置，也就是整条 肽链所有原子在三维空间的排布位置

【超二级结构】的定义：在许多蛋白质分子中，可由2个或2个以上具有二级结构的肽段在空间上相互接近，形成一个有规则的二级结构组合，称为超二级结构……经研究发现，α-螺旋之间、β-折叠之间以及α-螺旋与β-折叠之间的相互作用，主要是由非极性氨基酸残基参与的。

【结构域】的定义：结构域是三级结构层次上，具有独立结构与功能的区域，分子量较大的蛋白质常可折叠成多个结构较为紧密且稳定的区域，并各行其功能，称为结构域。……若用限制性蛋白质水解，含多个结构域的蛋白质常分解出独立的结构域，而结构域也可看作是球状蛋白质的独立折叠单位，有较为独立的三维空间结构。

2、定义辨析

A．二级结构只是涉及主链骨架原子的相对空间位置，不涉及残基的构像，而多个二级结构组合在一起形成超二级时，就涉及了残基的相互作用和空间位置，所以超二级结构不符合二级结构的定义。

B． 但是超二级结构，也只是整条肽链上的一部分，而且又不像结构域一样可以单独的行使功能，所以它也没有达到三级结构的“整条肽链”的定义，所以它也不符合三级结构的定义。

C． 结构域是符合三级结构的定义的，因为它是可以独立行使功能，几个结构域被水解变成独立结构域后，就等于是一整条肽链，所以结构域属于三级结构

D．在三级结构这里介绍分子伴侣，是因为分子伴侣协助形成三级结构，而分子伴侣本身，可以是一个具有多个亚基，具有四级结构的蛋白质。所以分子伴侣并不属于三级结构，而其种类繁多，不建议在这里进行分子伴侣本身的分类介绍。

3、例证

不管是在过去把超二级结构放在二级结构段落，还是放在三级结构段落，真题中从未出现要求将其归类至二级或三级结构，都是作为单独选项出现。

例：【2005年113题】亮氨酸拉链属于蛋白质的——E

A. 一级机构

B. 二级结构

C. 三级结构

D. 四级机构

E. 模序结构

证：如果超二级结构属于二级或者三级，这里就会出现多个答案

【2010年的25题】下列选项中，属于蛋白质三级结构的是——C

A. α-螺旋

B. 无规则卷曲

C. 结构域

D. 锌指结构

证：如果超二级结构属于三级，这里就要把D也选上

【2012年的25题】下列结构中，属于蛋白质模序结构的是——C

A. α-螺旋

B. β-折叠

C. 锌指结构

D. 结构域

证：如果超二级结构属于二级，这里就要把AB也选上

【2016年的25题】“α-螺旋-β-转角-α-螺旋”属于的蛋白质结构是——C

A. 一级结构

B. 三级结构

C. 模体

D. 结构域

证：如果超二级结构属于三级，这里就要把B也选上